Ouderdom
Over de ouderdom van de molen is op dit moment nog weinig concreets te zeggen. Vier jaartallen geven indicaties over een mogelijke stichting: 1603, 1675, 1697 en 1853.
In de molen bevindt zich een balk, waarop het jaartal 1603 gekerfd staat. Het is echter nauwelijks voorstelbaar, dat De Arkduif 400 jaar oud is. Rond 1600 waren de meeste molens in het landelijk gebied nog wipmolens van hout. Daarbij is de 6 in het jaartal nog zeer arbitrair: evengoed zou er sprake kunnen zijn van 1803. Waarschijnlijk komt de houten balk uit een voorganger van De Arkduif of uit een heel andere molen. Bouwmaterialen werden tot in de 19e eeuw vaak hergebruikt.
De oudste vermelding van een molen op of zeer nabij de huidige lokatie van De Arkduif vinden we in een oud belastingregister van het dorp Zwammerdam. In de lijst van de verponding wordt daar vanaf 1675 Gerrit Jansz Blonk als korenmolenaar vermeld. Het is niet te bewijzen, dat Gerrit Jansz Blonk molenaar was op de huidige molen. Het ligt echter niet voor de hand, dat het hier ook om de huidige Arkduif gaat. Ook hier geldt het argument, dat stenen molens in de 17e eeuw nog niet gemeen goed waren. Een argument dat wel voor 1675 zou kunnen pleiten is een mogelijke verwoesting van een oudere molen in 1672, waardoor wellicht vervangende bouw nodig was. Windrecht werd er echter niet betaald in Zwammerdam voor een korenmolen (wel voor diverse houtzaagmolens). In 1535 is er sprake van een korenmolen in Bodegraven; hoewel het in dat jaar betaalde bedrag aan windgeld 3 gulden bedroeg, hetzelfde bedrag dat later door de molenaars van de Arkduif moest worden betaald, is deze molen hooguit een voorloper van de Arkduif. Waar de molen echter als gelegen onder Bodegraven wordt aangeduid lijkt dat laatste niet waarschijnlijk.
1697 is lange tijd als bouwjaar van De Arkduif aangenomen; recent bouwhistorisch onderzoek lijkt dit jaartal te bevestigen. De bewijsvoering voor dit jaar ging tot voor kort uitsluitend terug op een tegeltableau, daterend van voor 1750 en in de keuken van de molen woning was aangebracht. Het tableau, in stukken teruggevonden, geeft een afbeelding van een stellingkorenmolen met het jaartal daarbij. De mogelijkheid dat het onderste deel van de molen in oorsprong inderdaad uit 1697 dateert is in een bouwhistorisch onderzoek van N. Jurgens (Vereniging De Hollandsche Molen) bevestigd. Vanaf het eind van de 17e en gedurende de 18e eeuw werden elders in de omgeving stenen stellingmolens gebouwd (bv. De Windhond te Woerden in 1755, De Geregtigheyd te Katwijk in 1740, De Valk te Leiden in 1743). Jurgens vergelijkt De Arkduif qua bouwstijl en materiaal met o.a. de molen De Windlust in Goudswaard, daterend uit 1694; dit is echter geen stellingkorenmolen, maar een zgn. grondzeiler.Op een kopergravure met een gezicht op het dorp Bodegraven uit circa 1740 zien we aan de westkant van het dorp zelfs twee stellingmolens staan. Het plaatje is niet duidelijk, maar het zou heel goed kunnen dat beide molens aan verschillende kanten van de Oude Rijn staan. De Arkduif staat dan op Zwammerdams grondgebied op de zuidoever, de andere op grondgebied van Bodegraven. Over deze laatste, Boreftse molen is weinig bekend. Het zou de pelmolen, een vroeger houtzaagmolen en oliemolen, kunnen zijn, waarvoor Maarten Cornelisz Outshoorn in 1700 windrecht betaalde; misschien is het de snuif- en tabaksmolen van Timotheus Batenburg, die in 1770 vermeld wordt.
1853 tenslotte is het jaar, dat vermeld staat op de gietijzeren bovenas in de molen. Die as is gemaakt door de bekende Haagse firma Enthoven en Co. De vervanging van de as en door bouwkundige gesignaleerde wijzigingen in de bovenromp van de molen bevestigen het vermoeden, dat het deel boven de stelling of balie halverwege de 19e eeuw vernieuwd is. Het verhaal gaat, dat de molen rond 1850 gedeeltelijk is afgebrand. Concrete aanwijzingen zijn hiervoor echter niet gevonden. Wel is er rond 1888 een “herbouw” geweest, blijkens een vermelding in de kadastrale registers van Zwammerdam. Waarschijnlijk is de molen rond dat jaar een stuk verhoogd is. Met betrekking tot de ouderdom kan vooralsnog geconcludeerd worden: onderbouw waarschijnlijk eind 17e-eeuws, bovenbouw circa 1885-1890.
