De molen De Arkduif is gelegen aan de Overtocht in Bodegraven. Tot 1 februari 1964 behoorde dit gedeelte van de huidige gemeente Bodegraven bij de op die datum opgeheven gemeente Zwammerdam. De geschiedenis van De Arkduif is dan ook mede een Zwammerdamse geschiedenis, terwijl de molen nu een prominente plaats in het dorp Bodegraven inneemt.

Van De Arkduif wordt al in 1735 gezegd, dat het gaat om een stenen windkorenmolen. Vanouds is het een stellingmolen geweest, die zich onderscheidde van andere molentypes door de stelling of balie halverwege. Stellingmolens waren hoog gebouwd of geplaatst, om boven de overige bebouwing in de omgeving te staan, waardoor er zoveel mogelijk wind kon worden “gevangen”.  Vanaf deze stelling wordt het kruiwerk, het mechanisme dat de kop van de molen in de juiste windrichting zet, bedient. Dit “kruien” beperkt zich dus tot de kop van de molen; de naam voor dergelijke type molens is “bovenkruier”

Over de ouderdom van de molen is op dit moment nog weinig concreets te zeggen. Vier jaartallen geven indicaties over een mogelijke stichting: 1603, 1675, 1697 en 1853.

Vanaf 1977 werd de molen door de gemeente Bodegraven met subsidies van Rijk en Provincie gerestaureerd. Deze (eerste) restauratie is in fasen gerealiseerd als gevolg van beperkte middelen en bouwkundige problemen. In 1978 werden de houten roeden vervangen door stalen roeden. Uiteindelijk werd de molen officieel in 1982 opgeleverd.

Nadat er voldoende toezeggingen waren voor subsidies en bijdragen van onder andere het Rijk, Provincie en andere instanties, kon in 2008 begonnen worden met een tweede grote restauratie van de molen. Tegelijkertijd is een nieuwe entreepartij gerealiseerd en is er een parkeerterrein en terras ten behoeve van de bezoekers van de molen en het restaurant. De bijgebouwen zijn in gebruik genomen als horecagelegenheid (Brouwcafé De Molen).

In 2015 is als laatste is het gaande (draai- en maal-) werk binnen in de molen gerestaureerd en is de stelling vernieuwd, waarmede het volledige restauratieproces was voltooid. Daarna is in het voorjaar van 2021 nog een keer het gehele gevlucht (nieuwe stalen roeden en nieuw hekwerk) vernieuwd.

Op de molen zijn regelmatig vrijwillige molenaars werkzaam; zij zorgen dat de molen regelmatig draait en er gemalen wordt. De molen kan bezocht worden. In principe elke zaterdag van 10.00 tot 16.00 uur of na afspraak met een van de molenaars.